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페니실린 결합 단백질

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1. 개요

페니실린 결합 단백질(PBP)은 세균 세포벽의 주요 구성 요소인 펩티도글리칸의 합성에 관여하는 막 결합 단백질 및 세포질 단백질이다. 다양한 유기체에서 여러 종류의 PBP가 발견되며, 분자량에 따라 고분자량(HMW)과 저분자량(LMW)으로 분류된다. PBP는 펩티도글리칸 합성, D-알라닌 제거, 효소 활성 등 다양한 기능을 수행하며, β-락탐계 항생제와 결합하여 세균의 세포벽 합성을 억제한다. 특히, 항생제 내성 연구에서 중요한 역할을 하며, 메티실린 내성 황색포도상구균(MRSA)의 페니실린 내성은 PBP2A의 존재와 관련이 있다.

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페니실린 결합 단백질
기본 정보
다양한 PBP의 구조
다양한 PBP의 구조
발견 연도1960년대
발견자제임스 파크
유형단백질 종류
기능세균 세포벽의 펩티도글리칸 생합성
세포 분열
세포 모양 유지
항생제 표적
분류
주요 분류고분자량 PBPs (HMW-PBPs)
저분자량 PBPs (LMW-PBPs)
고분자량 PBPs (HMW-PBPs)class A PBPs (예: PBP1a, PBP1b) - 트랜스글리코실라제 및 트랜스펩티다아제 활성 보유
class B PBPs (예: PBP2, PBP3) - 트랜스펩티다아제 활성 보유
저분자량 PBPs (LMW-PBPs)class C PBPs (예: PBP4, PBP5, PBP6) - 카르복시펩티다아제 활성 보유
구조
도메인PCN-bd_Tpept (페니실린 결합 단백질, 트랜스펩티다아제)
PBP_dimer (페니실린 결합 단백질, 이량체화 도메인)
주요 구조적 특징N-말단 막 앵커
비반복 펩티도글리칸 트랜스글리코실라제 (PGT) 도메인 (class A PBPs)
트랜스펩티다아제 도메인 (TP)
C-말단 도메인 (다양한 기능)
작용 기전
펩티도글리칸 합성D-알라닐-D-알라닌 잔기에 결합하여 펩티도글리칸 사슬의 교차 결합을 촉매
항생제 내성PBP 유전자 변이
PBP 과발현
새로운 PBP 획득
임상적 중요성
항생제 표적베타-락탐 항생제 (예: 페니실린, 세팔로스포린)의 주요 표적
관련 질병메티실린 내성 황색포도상구균(MRSA)과 같은 항생제 내성균 감염
유전자
관련 유전자다양한 세균 종에 존재하며, 유전자 이름은 종에 따라 다름 (예: *E. coli*의 *mrdA*, *pbpA*, *dacB*)
추가 정보
기능세포벽 합성에 관여
억제제페니실린과 다른 베타-락탐계 항생물질
외부 링크
PfamPF00905 (PCN-bd_Tpept)
PF03717 (PBP_dimer)
InterProIPR001460
IPR005311
PROSITE해당사항 없음
OPM family195
OPM protein5hlb
PDB5hlb
1k25
1mwr
1mws
1mwt
1mwu
1pmd
1pyy
1qme
1qmf
1rp5
Membranome superfamily541

2. 다양성

페니실린 결합 단백질(PBPs)은 각 유기체 내에 여러 개가 존재하며, 막 결합 단백질과 세포질 단백질 모두에서 발견된다. 이들은 페니실린에 대한 다양한 친화성을 가지며, 일반적으로 고분자량(HMW)과 저분자량(LMW) 범주로 분류된다.[3] PBP에서 진화한 단백질은 많은 고등 유기체에서 발견되며, 포유류의 LACTB 단백질을 포함한다.[4]

2. 1. 대장균에서의 PBP

PBPs(페니실린 결합 단백질)는 수가 많으며, 보통 각 유기체 내에 여러 개가 존재한다. 막 결합 단백질과 세포질 단백질 모두에서 발견된다. 예를 들어, Spratt(1977)는 분자량이 40,000에서 91,000 사이인 6개의 서로 다른 PBP가 모든 Escherichia coli 균주에서 일상적으로 검출된다고 보고했다.[2] 서로 다른 PBP는 세포당 서로 다른 수로 존재하며 페니실린에 대한 다양한 친화성을 갖는다. PBP는 일반적으로 고분자량(HMW)과 저분자량(LMW) 범주로 광범위하게 분류된다.[3]

2. 2. 분자량에 따른 분류

페니실린 결합 단백질(PBP)은 수가 많으며, 보통 각 유기체 내에 여러 개가 존재한다. 막 결합 단백질과 세포질 단백질 모두에서 발견된다. 예를 들어, Spratt(1977)는 분자량이 40,000에서 91,000 사이인 6개의 서로 다른 PBP가 모든 Escherichia coli 균주에서 일상적으로 검출된다고 보고했다.[2] 서로 다른 PBP는 세포당 서로 다른 수로 존재하며 페니실린에 대한 다양한 친화성을 갖는다. PBP는 일반적으로 고분자량(HMW)과 저분자량(LMW) 범주로 광범위하게 분류된다.[3]

2. 3. 진화적 기원

페니실린 결합 단백질(PBPs)은 그 수가 많으며, 보통 각 생명체 내에 여러 개가 존재한다. 막 결합 단백질과 세포질 단백질 모두에서 발견된다. 예를 들어, Spratt(1977)는 분자량이 40,000에서 91,000 사이인 6개의 서로 다른 PBP가 모든 Escherichia coli 균주에서 일상적으로 검출된다고 보고했다.[2] 서로 다른 PBP는 세포마다 다른 수로 존재하며 페니실린에 대한 다양한 결합력을 갖는다. PBP는 일반적으로 고분자량(HMW)과 저분자량(LMW) 범주로 크게 분류된다.[3] PBP에서 진화한 단백질은 많은 고등 생명체에서 발견되며, 포유류의 LACTB 단백질을 포함한다.[4]

3. 기능



PBPs(페니실린 결합 단백질)는 세균 세포벽 합성, 성장, 세포 분열, 구조 유지에 필수적인 역할을 한다.[5] PBPs를 억제하면 세포벽 구조에 결함이 생기고 세포 모양이 불규칙해지며, 사상체 형성, 구상체 형성, 세포 사멸 및 용해를 유발한다.[6]

PBPs는 펩티도글리칸 합성과 D-알라닌 제거 반응을 촉매한다. 정제된 효소D-알라닌 카르복시펩티다제, 펩티도글리칸 트랜스펩티다제, 펩티도글리칸 엔도펩티다제와 같은 반응을 촉매하며, 연구된 모든 세균에서 이 효소는 하나 이상의 반응을 촉매한다.[2]

일부 저분자량 PBPs는 MreB 세포 골격과 연관되어 세포 성장 동안 펩티도글리칸을 삽입하는 반면, 고분자량 PBPs는 MreB와 독립적으로 펩티도글리칸 결함을 복구하여 세포벽 무결성을 유지한다.[8]

3. 1. 펩티도글리칸 합성

PBPs(페니실린 결합 단백질)는 세균 세포벽의 주요 구성 요소인 펩티도글리칸의 최종 합성 단계에 모두 관여한다. 세균 세포벽 합성은 세균의 성장, 세포 분열(따라서 번식) 및 세포 구조 유지에 필수적이다.[5] PBPs를 억제하면 세포벽 구조에 결함이 생기고 세포 모양이 불규칙해진다. 예를 들어 사상체 형성, 유사 다세포 형태, 구상체 형성으로 이어지는 병변, 궁극적인 세포 사멸 및 용해를 유발한다.[6]

PBPs는 지질 중간체로부터 가교 결합된 펩티도글리칸을 합성하고, 펩티도글리칸 전구체로부터 D-알라닌을 제거하는 여러 반응을 촉매한다. 정제된 효소D-알라닌 카르복시펩티다제, 펩티도글리칸 트랜스펩티다제, 펩티도글리칸 엔도펩티다제와 같은 반응을 촉매한다. 연구된 모든 세균에서 효소는 위 반응 중 하나 이상을 촉매하는 것으로 나타났다.[2] 이 효소는 페니실린에 민감하지 않은 트랜스글리코실라제 N-말단 도메인(선형 글리칸 가닥 형성 관여)과 페니실린에 민감한 트랜스펩티다제 C-말단 도메인(펩타이드 서브유닛의 가교 결합 관여)을 가지며, 활성 부위의 세린은 PBP 패밀리의 모든 구성원에서 보존된다.[3]

일부 저분자량 PBPs는 MreB 세포 골격과 연관되어 세포 주위의 회전을 따라가며 세포 성장 동안 방향성을 가지고 펩티도글리칸을 삽입한다.[7] 반대로, 고분자량 PBPs는 MreB와 독립적이며 펩티도글리칸의 결함을 감지하고 복구하여 세포벽 무결성을 유지한다.[8]

3. 2. D-알라닌 제거

PBPs(페니실린 결합 단백질)는 펩티도글리칸 전구체로부터 D-알라닌을 제거하는 반응을 매개한다.[2] 정제된 효소D-알라닌 카르복시펩티다제, 펩티도글리칸 트랜스펩티다제, 펩티도글리칸 엔도펩티다제와 같은 반응을 촉매한다.[2] 연구된 모든 세균에서 이 효소는 위 반응 중 하나 이상을 촉매하는 것으로 밝혀졌다.[2]

3. 3. 효소 활성

PBPs(페니실린 결합 단백질)는 세균 세포벽의 주요 구성 요소인 펩티도글리칸의 최종 합성 단계에 모두 관여한다. 세균 세포벽 합성은 세균의 성장, 세포 분열(따라서 번식) 및 세포 구조 유지에 필수적이다.[5] PBPs를 억제하면 세포벽 구조에 결함이 생기고 세포 모양이 불규칙해진다. 예를 들어 사상체 형성, 유사 다세포 형태, 구상체 형성으로 이어지는 병변, 궁극적인 세포 사멸 및 용해를 유발한다.[6]

PBPs는 지질 중간체로부터 가교 결합된 펩티도글리칸을 합성하는 과정과 펩티도글리칸 전구체로부터 D-알라닌을 제거하는 반응 등 여러 반응을 촉매하는 것으로 나타났다. 정제된 효소D-알라닌 카르복시펩티다제, 펩티도글리칸 트랜스펩티다제, 펩티도글리칸 엔도펩티다제와 같은 반응을 촉매한다. 연구된 모든 세균에서 효소는 위 반응 중 하나 이상을 촉매하는 것으로 나타났다.[2] 이 효소는 페니실린에 민감하지 않은 트랜스글리코실라제 N-말단 도메인(선형 글리칸 가닥 형성 관여)과 페니실린에 민감한 트랜스펩티다제 C-말단 도메인(펩타이드 서브유닛의 가교 결합 관여)을 가지며, 활성 부위의 세린은 PBP 패밀리의 모든 구성원에서 보존된다.[3]

3. 4. 효소 도메인 구조

페니실린 결합 단백질(PBPs)은 페니실린에 민감하지 않은 트랜스글리코실라제 N-말단 도메인(선형 글리칸 가닥 형성 관여)과 페니실린에 민감한 트랜스펩티다제 C-말단 도메인(펩타이드 서브유닛의 가교 결합 관여)을 가진다. 활성 부위의 세린은 PBP 패밀리의 모든 구성원에서 보존된다.[3]

일부 저분자량 PBPs는 MreB 세포 골격과 연관되어 세포 주위의 회전을 따라가며 세포 성장 동안 방향성을 가지고 펩티도글리칸을 삽입한다.[7] 반대로, 고분자량 PBPs는 MreB와 독립적이며 펩티도글리칸의 결함을 감지하고 복구하여 세포벽 무결성을 유지한다.[8]

3. 5. 세포 성장과 PBP

PBPs(페니실린 결합 단백질)는 세균 세포벽의 주요 구성 요소인 펩티도글리칸의 최종 합성 단계에 모두 관여한다. 세균 세포벽 합성은 세균의 성장, 세포 분열(따라서 번식) 및 세포 구조 유지에 필수적이다.[5] PBPs의 억제는 세포벽 구조 결함과 세포 모양의 불규칙성을 초래하여, 예를 들어 사상체 형성, 유사 다세포 형태, 구상체 형성으로 이어지는 병변, 궁극적인 세포 사멸 및 용해를 유발한다.[6]

PBPs는 지질 중간체로부터 가교 결합된 펩티도글리칸을 합성하는 과정과 펩티도글리칸 전구체로부터 D-알라닌의 제거를 매개하는 여러 반응을 촉매한다. 정제된 효소D-알라닌 카르복시펩티다제, 펩티도글리칸 트랜스펩티다제 및 펩티도글리칸 엔도펩티다제와 같은 반응을 촉매한다. 연구된 모든 세균에서 효소는 위 반응 중 하나 이상을 촉매한다.[2] 이 효소는 페니실린에 민감하지 않은 트랜스글리코실라제 N-말단 도메인(선형 글리칸 가닥 형성 관여)과 페니실린에 민감한 트랜스펩티다제 C-말단 도메인(펩타이드 서브유닛의 가교 결합 관여)을 가지며, 활성 부위의 세린은 PBP 패밀리의 모든 구성원에서 보존된다.[3]

일부 저분자량 PBPs는 MreB 세포 골격과 연관되어 세포 주위의 회전을 따라가며 세포 성장 동안 방향성을 가지고 펩티도글리칸을 삽입한다.[7] 반대로, 고분자량 PBPs는 MreB와 독립적이며 펩티도글리칸의 결함을 감지하고 복구하여 세포벽 무결성을 유지한다.[8]

4. 항생제와의 관계

PBPs는 β-락탐 항생제와 결합하는데, 이는 펩티도글리칸을 형성하는 모듈 조각과 화학 구조가 유사하기 때문이다.[9] 페니실린과 결합하면 β-락탐 아미드 결합이 파괴되어 PBPs 활성 부위의 촉매 세린 잔기와 공유 결합을 형성한다. 이는 비가역적인 반응이며 효소를 비활성화시킨다.

항생제 및 내성에서의 역할 때문에 PBPs에 대한 많은 연구가 이루어졌다. 세균 세포벽 합성과 그 합성에 있어서 PBPs의 역할은 대사 경로와 효소가 세균에만 고유하므로 선택적 독성을 갖는 약물의 매우 좋은 표적이 된다.[10] 항생제 내성은 PBPs의 과다 생산과 페니실린에 대한 낮은 친화성을 가진 PBPs의 형성(락타마제 생성과 같은 다른 메커니즘 포함)을 통해 발생했다. 이러한 실험은 단백질에 다른 아미노산을 첨가하여 PBP의 구조를 변경하여 약물이 단백질과 어떻게 상호 작용하는지에 대한 새로운 발견을 가능하게 한다. PBPs에 대한 연구는 새로운 반합성 β-락탐의 발견으로 이어졌으며, 여기서 원래 페니실린 분자의 측쇄를 변경하여 페니실린에 대한 PBPs의 친화력을 높여 내성이 발달하는 세균에 대한 효과를 증가시켰다.

4. 1. β-락탐계 항생제와의 결합

PBPs는 펩티도글리칸을 형성하는 모듈 조각과 화학 구조가 유사하기 때문에 β-락탐 항생제와 결합한다.[9] 페니실린과 결합하면 β-락탐 아미드 결합이 파괴되어 PBPs 활성 부위의 촉매 세린 잔기와 공유 결합을 형성한다. 이는 비가역적인 반응이며 효소를 비활성화시킨다. β-락탐 고리는 모든 β-락탐 항생제에 공통적인 구조이다.[12]

4. 2. 항생제 내성 기전

PBPs는 β-락탐 항생제와 결합하는데, 이는 펩티도글리칸을 형성하는 모듈 조각과 화학 구조가 유사하기 때문이다.[9] 페니실린과 결합하면 β-락탐 아미드 결합이 파괴되어 PBPs 활성 부위의 촉매 세린 잔기와 공유 결합을 형성한다. 이는 비가역적인 반응이며 효소를 비활성화시킨다.

세균 세포벽 합성과 그 합성에 있어서 PBPs의 역할은 대사 경로와 효소가 세균에만 고유하므로 선택적 독성을 갖는 약물의 매우 좋은 표적이 된다.[10] 항생제 내성은 PBPs의 과다 생산과 페니실린에 대한 낮은 친화성을 가진 PBPs의 형성(락타마제 생성과 같은 다른 메커니즘 포함)을 통해 발생했다.

메티실린 내성 ''황색포도상구균''(MRSA)에서 나타나는 항생제 내성은 단백질 페니실린 결합 단백질 2A(PBP2A)의 존재로 인한 것이다.[11]

β-락탐 고리는 모든 β-락탐 항생제에 공통적인 구조이다.[12]

4. 3. 메티실린 내성 황색포도상구균 (MRSA)

메티실린 내성 황색포도상구균(MRSA)에서 나타나는 항생제 내성은 페니실린 결합 단백질 2A (PBP2A) 단백질의 존재로 인한 것이다.[11]

4. 4. 연구의 중요성

페니실린 결합 단백질(PBPs)은 β-락탐 항생제와 결합하는데, 이는 펩티도글리칸을 형성하는 모듈 조각과 화학 구조가 유사하기 때문이다.[9] 페니실린과 결합하면 β-락탐 아미드 결합이 파괴되어 PBPs 활성 부위의 촉매 세린 잔기와 공유 결합을 형성한다. 이는 비가역적인 반응이며 효소를 비활성화시킨다.

항생제 및 내성에서의 역할 때문에 PBPs에 대한 많은 연구가 이루어졌다. 세균 세포벽 합성과 그 합성에 있어서 PBPs의 역할은 대사 경로와 효소가 세균에만 고유하므로 선택적 독성을 갖는 약물의 매우 좋은 표적이다.[10] 항생제 내성은 PBPs의 과다 생산과 페니실린에 대한 낮은 친화성을 가진 PBPs의 형성(락타마제 생성과 같은 다른 메커니즘 포함)을 통해 발생했다. 이러한 실험은 단백질에 다른 아미노산을 첨가하여 PBP의 구조를 변경하여 약물이 단백질과 어떻게 상호 작용하는지에 대한 새로운 발견을 가능하게 한다. PBPs에 대한 연구는 새로운 반합성 β-락탐의 발견으로 이어졌으며, 여기서 원래 페니실린 분자의 측쇄를 변경하여 페니실린에 대한 PBPs의 친화력을 높여 내성이 발달하는 세균에 대한 효과를 증가시켰다.

메티실린 내성 ''황색포도상구균'' (MRSA)에서 나타나는 항생제 내성은 단백질 페니실린 결합 단백질 2A (PBP2A)의 존재로 인한 것이다.[11]

β-락탐 고리는 모든 β-락탐 항생제에 공통적인 구조이다.[12]

참조

[1] 논문 Crystal structures of penicillin-binding protein 3 from ''Pseudomonas aeruginosa'': comparison of native and antibiotic-bound forms 2011-01
[2] 논문 Properties of the penicillin-binding proteins of ''Escherichia coli'' K12,. 1977-01
[3] 논문 Purification and partial characterization of a penicillin-binding protein from ''Mycobacterium smegmatis''. 1992-07
[4] 논문 Evolution of a family of metazoan active-site-serine enzymes from penicillin-binding proteins: a novel facet of the bacterial legacy 2008-01
[5] 서적 Macromolecular Protein Complexes II: Structure and Function 2020-01
[6] 논문 Morphological and ultrastructural changes in bacterial cells as an indicator of antibacterial mechanism of action https://zenodo.org/r[...] 2020-05-01
[7] 논문 Bacillus subtilis cell diameter is determined by the opposing actions of two distinct cell wall synthetic systems 2019-05-13
[8] 논문 Class-A penicillin binding proteins do not contribute to cell shape but repair cell-wall defects 2020-01-06
[9] 논문 Isolation of the membrane-bound 26 000-Mr penicillin-binding protein of ''Streptomyces'' strain K15 in the form of a penicillin-sensitive D-alanyl-D-alanine-cleaving transpeptidase. 1982-10
[10] 논문 Penicillin-binding protein-mediated resistance in pneumococci and staphylococci. 1999-03
[11] 논문 Expression and inducibility in ''Staphylococcus aureus'' of the ''mecA'' gene, which encodes a methicillin-resistant ''S. aureus''-specific penicillin-binding protein 1989-05
[12] 논문 Beta Lactam Antibiotics https://www.ncbi.nlm[...] 2020-05-01
[13] 논문 Chapter 18 - Infectious Diseases https://www.scienced[...] 2020-05-01
[14] 논문 Properties of the penicillin-binding proteins of Escherichia coli K12,.
[15] 논문 Purification and partial characterization of a penicillin-binding protein from Mycobacterium smegmatis.
[16] 논문 Evolution of a family of metazoan active-site-serine enzymes from penicillin-binding proteins: a novel facet of the bacterial legacy 2008
[17] 논문 Properties of the penicillin-binding proteins of Escherichia coli K12,.
[18] 논문 Purification and partial characterization of a penicillin-binding protein from Mycobacterium smegmatis.
[19] 논문 Isolation of the membrane-bound 26 000-Mr penicillin-binding protein of Streptomyces strain K15 in the form of a penicillin-sensitive D-alanyl-D-alanine-cleaving transpeptidase.
[20] 논문 Penicillin-binding protein-mediated resistance in pneumococci and staphylococci.



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